明朝藩王和以前相比，行政方面的权力被削弱，但是军事方面的权力却逐渐加强。原本藩王对王府隶属的官员有选用、升迁、罢黜的权力，后来朱元璋收回了这部分权力，规定王府官吏“任满黜陟，俱取自上裁”。原本藩王只对王府护卫队有统率权和指挥权，后来朱元璋不仅增加护卫队的数量，连辖区内的武将也要受藩王节制。
《明史》：帝念边防甚，且欲诸子习兵事，诸王封并塞居者皆预军务。而晋、燕二王，尤被重寄，数命将兵出塞及筑城屯田。大将如宋国公冯胜、颍国公傅友德皆受节制。又诏二王，军中事大者方以闻。
在九大“塞王”中，以晋王朱棡和燕王实力最为雄厚，晋王驻地太原，燕王驻地北平。两地均属北部边境重镇，是明朝抵御元朝残余势力的最前线，所以朱元璋给予他们高于其他诸侯王的地位。特别是燕王朱棣，凭借智勇双全，深得父皇器重，多次领兵出塞作战。他不仅可以节制封地内的所有军队，还可以节制其他藩王的王府护卫队和当地驻军。
明朝中后期，随着藩王逐渐长大成人，以及朱元璋年事已高，对诸王的掌控大不如前。边塞诸侯王开始利用边境军事重镇的优势，招兵买马，扩充实力。如宁王朱权“所部带甲八万，革车六千，所属朵颜三卫蒙古骑兵，皆骁勇善战。”面对藩王实力不断膨胀，朱元璋除了用祖宗家法进行劝勉和恐吓之外，没有采取任何实质性的抑制措施。朱棣凭借战功卓着，在藩王中威望很高。随着实力的不断增强，影响力越来越大，朱棣逐渐起了觊觎帝位之心。
1398年，朱元璋去世，早在七年前由于太子朱标的英年早逝，朱元璋并没有从剩下诸子之中挑选继承人，而是空前绝后的把帝位传给皇长孙朱允炆。朱元璋给朱允炆留下的是一个“诸王骄横，干弱枝强”的大明帝国。为此，建文帝朱允炆一上台就采纳谋臣黄子澄、齐泰等人的“削藩”建议，翦除地方实力，加强中央集权。
削藩对朝廷来说是一件非常棘手的问题，处理稍有不慎就会危及中央，汉景帝就是因为削藩导致吴楚七国之乱。汉景帝即位后，御史大夫晁错上书，陈述削藩的必要性：
《汉书》：“今削之亦反，不削亦反。削之，共反亟，祸小，不削之，其反迟，祸大。”
汉景帝采纳了他的建议，开始推行削藩，决定首先对当时实力最为强大的吴国下手。汉景帝的削藩让诸侯王大为惊恐，朝廷刚决议要削藩，吴王刘濞就联合楚、齐等七国反叛中央。联军打仗“清君侧，诛晁错”的旗帜，发兵进攻长安。
面对声势浩大的叛军，年轻的汉景帝开始慌了，竟然将晁错腰斩，以换取叛军退军。没想到叛军不但不退兵，反而继续西进威胁长安。回过神来的汉景帝决心武力平定叛乱，命太尉周亚夫率兵平叛。不到三个月，吴楚七国叛军土崩瓦解，汉景帝一口气废了七国中的六国，仅保留楚国。
建文帝汲取汉景帝仓促削藩导致吴楚七国之乱的教训，采取了“先易后难，先弱后强”的策略，先后废掉周、齐、湘、代等诸侯王。紧接着收回诸侯王对封国的统治权：“诸王毋得节制文武吏士，王国吏民听朝廷节制，维护卫官听王”。
建文帝继位后一系列削藩举措，使燕王朱棣倍感不安，削藩的大刀迟早都会落到自己的头上，经过深思熟虑，朱棣决定起兵反抗。1399年，朱棣打着“清君侧”的口号，在北平起兵。虽然同为“清君侧”，朱棣起兵和汉朝吴楚七国之乱最大的区别在于，朱棣是有名正言顺的法律依据的。
《皇明祖训》：若大臣行奸，不令王见天子，私下傅致其罪，而遇不幸者，到此之时，天子必是昏君。.....如朝无正臣，内有奸恶，则亲王训兵待命，天子密诏诸王，统领镇兵讨平之。
《皇明祖训》是朱元璋生前制定的对后世子孙的训戒，意在巩固朱明王朝。朱棣巧妙的利用朱元璋留下的祖制，把自己打造为王者之师，意在诛杀天子身边的奸佞，匡扶正义。这是朱棣的高明之处，把举兵造反包装为“行周公之事，以辅孺子”，始终不提反对朱允炆，只针对朱允炆身边的宠臣黄子澄、齐泰等。
经过四年的南征北战，燕王朱棣于1403年攻入南京，夺取帝位，建文帝不知所终。朱棣经历残酷的皇权斗争，最终以藩王的身份问鼎皇位，担心其他藩王效法自己。于是宣布“凡祖宗成法有改易者，仍复其旧”，恢复被建文帝废除的诸王爵位，多方安抚各地藩王，获取他们对新王朝的支持。除此之外，朱棣继续暗地里执行建文帝炆的削藩政策，比如把边塞诸王迁往内地，削减护卫军，把藩王辖区军队指挥权收回中央等。
事实证明，朱棣的削藩策略比建文帝更加缓和，像温水煮青蛙一样，有效的加强了中央对藩王的控制。基本上解决了朱元璋晚年由于藩王权力过大形成的尾大不掉的局面，为朱棣对外开疆拓土，对内加强中央集权奠定了基础。
本来在和名正言顺继承帝位的建文帝相比，朱棣的劣势是相当大的。但是在个人能力方面朱棣却是碾压建文帝。朱棣在军事方面灵活多变，在用人方面知人善任，在政治方面老谋深算。特别是其娴熟的政治权术，凭借朱元璋留下的《皇明祖训》，以及“清君侧”的名义推翻了建文帝的统治，攻击建文帝违背朱元璋祖制，把自己打造成为名正言顺的继承人。
实际上朱元璋亲手制定的《皇明祖训》，在他死后，对历代帝王的约束力不高。从建文帝开始，随着时间的推移，很多制度被后世皇帝推翻。这些朱氏子孙表面上口口声声说遵从祖训，背地里偷偷修改祖训，枉费了朱元璋一片苦心。
换句话说，朱元璋亲手制定的皇明祖训给燕王朱棣的造反之路的正义性，提供了一个绝佳的借口和依据。
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