小新一行人开始了很的旅程，走了很久来到了黑暗市，黑暗市非常萧条，人口没有多少，好像跟废弃的一样，走在了路上遇到了三个小朋友，不知道什么的原因这个城市的人比较讨厌训练家，然后三个小朋友的爸爸走了过来，邀请小新几人去他家，一番的了解之后，好像俩个道馆开始争夺正式的道馆，搞的城市鸡飞狗跳。
小新等人见过这俩个道馆馆训练家，乔伊小姐也出来了，最后在小新几人和乔伊小姐的帮助下，解决了这2个道馆的问题，顺便解救了黑暗市的民众。
小新一行人又开始了新的旅行，在一个城镇遇到了变魔术的马健，马健由于魔术表演很失误，导致了椰蛋树的暴走，在小新几人的帮助下，解决了混乱的椰蛋树，小智的小火龙净化成为了火恐龙，马健的魔术也变得越来越好了，就这样小新几人分别马健踏上了新的旅程。
小新几人走到了一个小镇，刚好旅行的药材，食物，树果等等都没有，准备在这个镇子里补充，遇到了清美，清美想让自己的派拉斯进化，问小新等人可以跟自己对战吗，小新表示可以帮忙锻炼派拉斯，让小智等人在清美家等一天，小新带着派拉斯在森林里对战了一天，晚上回去后派拉斯进化成为了帕拉斯特。就这样小新等人在清美家住了一晚，顺便买了药材，食物，树果就出发去下个地方了。
小新几人走了很多天，穿过了森林，草地，最后终于走过了沙漠，来到了夜晚美丽的镇子，霓虹镇，霓虹镇由于很繁华，又是不夜城，镇上的人每天都失眠，睡好觉，大家都很暴躁，小新一行人也睡的不是很好，小新几人一早就出发旅行了，走在镇子旁边遇到了一只胖丁，胖丁一唱歌，大家都睡着了，后面小新几人带着胖丁去霓虹镇让胖丁去唱歌，结果霓虹镇的大家都睡着了。心情也变好了。小智就这样继续旅行了，胖丁喜欢小霞一只跟着小新几人。
小新几人来到了大傻谷，这里小新几人遇到了小茂，原来这个地方有许多人来挖化石的。
小新几人看到很对开始挖化石，准备也上去挖化石，结果火箭队三人在准备了炸弹准备炸山，小新几人去阻止，还是没有制止，小智和小新跟着火箭队三人组被炸到了一个地下洞窟。
小新几人发现了化石盔，镰刀盔，菊石兽，多刺菊石兽，火箭队三人族还想收服，结果实力没有到，小智放出火恐龙准备对战，结果火恐龙趴着睡着了，小新放出了喷火龙，打败化石盔，镰刀盔它们，丢出精灵球收服了这几种古代精灵。然后化石翼龙飞了出来吃着小新几人一直攻击，小新打败化石翼龙，然后收服化石翼龙，刚飞出洞口，胖丁的歌响了起来，大家纷纷睡着了，等大家清醒过来，君沙小姐说到，可能是做了一场梦，让大家都离开。估计联盟会保护住大傻谷里面的古代神奇宝贝吧，小智火恐龙在这个时候进化了。小智很开心，打开了背包拿出了一颗精灵蛋，也不知道小智什么时候拿到的精灵蛋。
小霞几人一脸惊讶，小新觉得让小刚培育好了，就这样小新几人离开大峡谷。朝着下个地方开始前进了。
来到了一个城市，因为皮卡丘被卡住了，来到了一个急救医院，在医院里，一个叫杜医生的人帮忙救了皮卡丘，觉得乔伊小姐说交谈意外导致了，很多精灵受伤了，然后让杜医生帮忙治疗一些精灵，就这样小新等人在医院一起帮忙治疗精灵，忙碌一天终于治疗好了，小新等人去精灵医院休息了一天，第二天分别了乔伊和杜医生有踏上了旅行。
小新一行人走到了一个信箱面前，看着信箱上面的寻人启事，看着眼熟就打了电话，来了一个老爷爷接小新等人去庄园，在庄园被招待了一顿，后面火箭队三人组也来了，火箭队的小次郎刚好是这个庄园的少爷，在聊天交流后，小新等人也了解了小次郎的过去，小新等人也踏上了旅途，小次郎放不下喵喵和武藏，在一次跑出来庄园跟着武藏和喵喵一起旅行。
小新等人又来到了一个森林中，遇到了一个人小偷级别的训练家，专门喜欢训练自己的大葱鸭去表演偷盗其他的人精灵。在小新几人和君沙逮到了，一阵教育，最后小偷训练家决定改掉自己的坏习惯。
小新几人又开始自己的旅行了，小新几人来到了城镇精灵医院，乔伊小姐说有小新的留言，应该是大木博士想知道小新传送过去的古代精灵的事情。小新回播了电话，在和大木博士一阵时间的交流后。还有就是精灵图鉴升级了，大木博士让小新几人把旧图鉴传送过去交换新的精灵图鉴。
小智拿到的精灵蛋也该孵化了，火箭队三人组想要来抢夺，最后被小新击飞了。然后孵化出了波克比，后面小智送给了小霞。小新几人朝着新的地方出发了，小新几人来到了森林里面的精灵医院，不知道什么原因妙蛙种子背上的种子开始发光了，最后在妙蛙种子的带领下找到了一群妙蛙种子，妙蛙草和妙蛙花的花园里面。小智的妙蛙种子不想净化，最后小新给了小智几颗不变之石。小新根妙蛙花族**谈一会，后面和妙蛙花对战，最后小新赢了，又收服了妙蛙花的族群，就这样小新拥有了妙蛙花族群，4只杰尼龟，皮卡丘族群，疗养院的族群，玛瑙水母族群，等着这些精灵开始繁育，小新也可以售卖这些精灵的精灵宝宝和精灵蛋了。
小新几人来到了玩偶镇，这个镇子里正在准备3月3号全国的娃娃节，是所有女孩子的节日。小霞要求小新3人今天要听从自己的话。在这一天，小霞参加娃娃节的对战，最后小霞得到了冠军，拿到了小时候梦寐以求的精灵玩偶大礼包。
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