第二部队是擅长近身战的忍者的部队，这部人忍者是忍者联军战斗在最前线的忍者，第二部队中我们比较熟知的就是日向雏田还有宁次这些忍者，他们擅长近身战，联军队长是新一代土影黑土。
第三部队是中短距离支援部队，这支队伍中的忍者都是兼备体力和速度的忍者，队长是第七代火影旗木卡卡西。
第四部队是远距离支援部队，主要任务是负责密切配合情报部队并且支援前线的战斗，同时肩负着保护后方支援部队的任务，队长是风影我爱罗。
第五部队是使用特殊忍术和攻击方法的战斗特别部队，这支部队主要是拥有秘传忍术的忍者们，比如说油女一族，还有就是来自于铁之国的武士们，这支队伍的战斗方式非常特殊，主要任务就是处理忍界大战中可能出现的各种问题，队长是铁之国的三船。
除了这五支部队之外，还有其他的部队，比如说奇袭部队，队长是砂隐村的勘九郎。
医疗后勤部队在忍者联军中也是非常重要的一支队伍，静音则是这支队伍的指挥官，在战争之中，医疗部队除了负责治疗伤员之外，还负责管理整个忍者联军的粮食，可以说是非常重要的岗位，而小樱也属于医疗后勤部队的一员。
情报部队的队长是山中一族的族长山中亥一，在战争之中，情报可以说是非常重要，如果说奈良鹿久是忍者联军的大脑，那么山中亥一就是忍者联军的神经脉络，忍者联军通过山中亥一将情报传达给其他部队。
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