贾诩，军师，负责情报军事等。
卫觊，尚书，负责行政司法等。
董昭，太尉，负责军事筹划等。
华歆，司农，负责农林水利等。
平宁，司商，负责商业税收等。
田豫，祭酒，负责文化教育等。
马腾，司空，负责各种工程等。
顾棣，廷尉，负责审判罪犯等。
陈木，卫尉，负责皇宫事务等。
马文，执金吾，负责长安守卫等。
马宇又以贾诩、卫觊、董昭、华歆、平宁、田豫和马腾七人组成自己的高级参谋部，称为参政，即为参谋军政之意，商讨决定军政大小事情，并随时出入马宇的前将军府。
由商部负责铸币，除此之外，任何人不得染指铸币，有胆敢触犯者，处以极刑。
令田豫和繁钦在长安筹办长安学堂，编制统一的教材。令平宁对长安市内的东市和西市，进行整理扩建，市内还要增办统一进货、统一标识、统一价格、统一服务的官办商铺米铺，确保民众生活在任何时候都不受影响。
令马腾对皇宫进行修缮，对长安城墙和内外道路改扩建，街道要加宽一倍以上。修建地下地面排水系统，增加水井对原水井进行修缮，改建扩建公共厕所，并对排放的污水进行处理，使长安的管理达到甚至要超过晋阳的标准。下一步还要疏通渭河河道，引水入城内；将来待条件具备之时，还要修缮、拓宽长安至洛阳、长安至咸阳的道路。以后还要将渭河两岸修建成类似后世的河滨花园，任务可以说是相当繁重，对财政方面要求也比较大，算是个中长期规划吧。
令华歆率张佐加快完成长安和洛阳一带的土地、测量分配和屯田，做好来年的春耕准备，再从晋阳、河套送一批耕牛到长安这边发展农业。令沈先在长安筹办两座大型医院，对民众开放服务；加紧筹备郎中培训班，所有郎中都要经过培训后，领取行医执照，方可给人治病。大臣们对马宇的一系列做法深感新意，整日全力投入，忙的乐呵呵的脚打后脑勺也不觉得累。
为纪念阵亡的靖勇军将士，马宇令在长安城外西北郊，修建靖勇军陵园，从河西郡之战开始，每经过一次战役，就修建一个牌楼，上面刻写阵亡将士的名字。牌楼高大威严，雕刻精美。因北斗斗柄从正东偏北（寅位，后天八卦艮位）起始，绕东南西北旋转一圈为一周期，谓之一岁。故定于每年春时，当斗柄指向正东偏南的‘乙’位时，为清明节气。并颁布前将军令，定于此日为清明节，放假一天，民可踏青扫墓，官员必须至靖勇军陵园祭典阵亡烈士，年年如此，不得中断或更改。
马宇将李傕的大司马府改为前将军府，五进的大院子房屋众多，一时显得冷冷清清的，马宇也不习惯，特将前三进院子改为亲兵守卫、办公和会议等，后两进和花园是休息吃住的地方。后花园的残壁断垣已清理干净，还开辟出一个小型训练场地，湖水也进行了清理和更换，并让沈先参照晋阳州牧府进行取暖、上下水和厕所的改造。
马宇对各郡太守又重新梳理了一遍，卫峥领云中和定襄郡太守。平松领朔方和五原郡太守。平克为河套太守。常林为西河和雁门郡太守。刘翔领上党和河东郡太守。汪佫为河内郡太守。靳详家乡在太原郡，因舍不得离开晋阳和已办学多时的晋阳学堂，马宇任命靳详任太原郡太守，并负责晋阳学堂。目前就是兰州和武威那边暂时没有太守，只得让柯山兼任了。
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汉献帝初平四年（193）春正月，发生日食，长安城内随之谣言四起，扬言马宇有不臣之心，欲取代天子自立。马宇闻报，令彻查谣言。马文经过十余天的慎密严查，终于查获了谣言的散布者，是董卓的亲家即牛辅的父亲和舅舅，一网打尽后，马宇令将谣言制造者交与卫觊，由新任廷尉顾棣负责审判。将参与制造谣言的牛辅的父亲和舅舅，以及两个亲信，经过公开审判，四人斩首示众，彻底抄家，家眷充军边远地区，其余十二名参与者均处于监禁二十年，罚往边境做苦力，查获的家产全部充公，用于办学和抚恤靖勇军阵亡将士，对此事的处理得到了官员的钦佩，民众的信服。有的官员，甚至汉献帝，开始时都以为马宇要趁机大开杀戒，清除异己，但马宇只是处理了参与者，做到了公平、公正、公开，也为卫觊准备修改完善大汉法律打下了一个基础。
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马宇单独和沈先讨论了攻城砲车制造的问题，其实就是抛石机，马宇根据在后世看到的军事杂志和军械发展历史方面的书籍中的插图，大致绘制了几张草图，让沈先在城西设立隐蔽的试验基地抓紧时间进行试制，由马文配合并负责警戒。
马宇在长安城内，开办了长安大酒店，招牌菜就是红烧肘子和红烧肉，还有一些创新的煎炒烹炸新式菜肴，配以杏花酒，成为长安城内著名的招牌酒店。开办的长安烧烤店，以马宇开创的烧烤方法为主，一经推出红极一时。马宇令平跃全面负责，各个大酒店由李登精心挑选的几个机灵的亲兵队长担任，这些酒店还包括中档和高档住宿，既可招财又可搜集情报，最后都成为马宇重要的财富和情报的来源。
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